1、房屋征收补偿协议的主体是房屋征收部门和被征收人。需要强调的是，征收补偿协议的一方主体是市、县级人民政府确定的房屋征收部门，而非作出征收决定的市、县级人民政府本身。
2、签订补偿协议是一种法律行为，要求双方当事人应当具有相应的权利能力和行为能力。不具有机关法人资格的政府工作部门不得被确定为房屋征收部门，不能参与房屋征收法律关系成为补偿协议当事人。