超过五千的部分适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条和第三条规定，年终奖属于综合所得，年终奖个人所得税的计算超过五千的部分适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。